【北側にはライバルJR奈良線が走行】
京阪宇治線桃山南口駅は京都市伏見区にある。伏見城跡、明治天皇桃山御陵などがある丘陵地と山科川に挟まれた狭隘な地に駅がある。JR奈良線が丘陵地側に走っているが、競合するような駅は付近にない。桃山南口駅は1913年6月1日に御陵前駅として開業した。1945年9月15日に営業休止となり、1946年2月15日に営業を再開した。1949年11月25日に桃山南口に改称された。
駅構内は対向式ホーム2面2線で、ホーム有効長は18m級車両5両分となっている。
1998年以前は構内踏切があったが、これが廃止されて、上下線個別に改札が設置されている。上下線を行き来できる連絡通路などはない。
改札は上下線に各1ヶ所あり、宇治方にある。下り宇治方面行き側の改札が有人改札で、ICカード対応の自動改札機と自動券売機が設置されている。
上り線中書島行き方面側の改札は朝の時間帯を除いて無人化されている。こちら側もICカード対応の自動改札機と自動券売機が設置されている。
出口もそれぞれ1ヶ所ずつあり、線路の反対側に行くには踏切を渡らなければならない。
丘陵地を走るJR奈良線103系電車が家と家の合間に見える。
上り線の駅南側は山科川が流れている。北側は京都外環状線が走っており、その向こうの丘陵地の裾をJR奈良線が走っている。
桃山南口駅の2016年度1日あたりの乗車人員は2,497人で、うち定期利用者は1,077人となっており、定期比率は43.1%となっている。10年前の2006年度と比較すると全体で26.3%減、定期利用者は42.9%減、定期外利用者は5.5%減となっており、定期利用者の減少が大きい。