JR嵯峨野線データイムダイヤは60分サイクルで運転されている。60分サイクルに特急1本、快速1本、普通3本の運転。特急は京都~福知山、城崎、東舞鶴、天橋立などを結ぶ、特急きのさき、特急まいづる、特急はしだてが運転されている。快速は京都~園部間の運転。普通は京都~亀岡、園部間に運転されている。
特急は各方面へ向けて毎時1本運転されている。嵯峨野線内の停車駅は京都を出ると二条、亀岡、園部に停車する。京都~園部間は上下とも29分で運転。表定速度は71.4km/hで特急としては少々物足りない走りである。複線化が完成した割に余り速くなっておらず、福知山線事故後はスピードアップはご法度という事態が相変わらず続いていることを実感させられる結果となっている。事故前のような狂気的なスピードアップは不要であるが、それ相応のスピードアップは鉄道事業を行っていく上では必要だろうし、何より利用者への最大のサービスでもあるのだから、スピードアップを行う努力は続けて欲しいものだ。特急は287系を中心に、381系、気動車のKTR8000形などが使用されている。287系は2011年に投入された新型特急車両で、南紀方面への特急くろしおにも投入されたJR西日本の次世代の標準特急車両である。東舞鶴へ運転される特急まいづるは287系はKTR8000形による運転で、381系は使用されない。特急きのさきは3分の1ほどが381系で運転され、あとは287系とKTR8000形が使用されている。特急はしだても287系、381系、KTR8000形が混用されている。
快速は京都~園部間に毎時1本の運転。221系4両編成で運転され、京都からの停車駅は二条、円町、嵯峨嵐山、亀岡以遠の各駅。データイムは普通の運転が少ないため、途中普通の追い抜きは行わない。園部以遠の山陰線普通も223系でほとんど運転されるようになっている。223系もしくは後継の225系を増備して、快速を京都から園部以遠に直通運転して利便性を拡大して欲しいものだ。遅い特急の補完を遅いが安い快速で行い、急速に発達している道路網に一矢報いて欲しいものだ。
普通は毎時3本の運転で、園部まで1本、亀岡まで2本が運転されている。亀岡~園部間は各駅に停まる快速とともに毎時2本の運転となっている。普通も全て221系で運転されており、4両編成を主体に運転されている。行楽シーズンなど嵐山方面への利用者を捌くために8両編成で運転されることもあるが、オフシーズンは4両編成で運転されている。