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JR湖西線のデータイムダイヤは、60分サイクルに新快速敦賀行き1本、普通近江今津行き1本、普通近江舞子行き2本が運転される。以前はこれに加えて普通堅田行き1本が運転されていたが、減量ダイヤにより廃止された。
特急はサンダーバードが毎時1～2本運転される。また、隔日運転だが、2014年3月までは大阪～札幌間のトワイライトエクスプレスが上下とも昼間の時間帯に通過する。サンダーバードもトワイライトエクスプレスも湖西線内は無停車で走り抜ける。サンダーバードは朝夕夜の列車は堅田や近江今津に停車する列車もあるが、昼間は全て通過する。
新快速の停車駅は京都から山科、大津京、比叡山坂本、堅田、近江舞子以遠の各駅。近江今津で分割併合を行い、近江今津〜敦賀間は4両編成で運転される。京都〜敦賀間の所要時間は1時間30分。同区間のサンダーバードは50分程度なので、その差は大きい。さすがの新快速もサンダーバードには敵わない。
普通は毎時3本の運転だが、特急待避などがあり、運転間隔は一定していない。下り近江今津行きは京都発毎時11分で、特急サンダーバードの後に出るので、途中の待避はない。下り近江舞子行きは京都発毎時26分、41分で、26分発は京都発40分のサンダーバードがある時に堅田で待避を行う。京都発毎時45分の新快速よりも近江舞子まで先着する。41分の近江舞子行きは大津京で新快速と緩急接続を行う。
