JR貨物所属のEF65-1000番台は2012年5月から旅客会社所属車との区別のため、1000を足した2000番台に改番された。新鶴見機関区に集中配置されており、2014年12月現在、24機が存在している。首都圏の貨物牽引を中心に運用され、東海道線、山陽線、さらには四国へ乗り入れる運用も受け持っている。
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