近鉄南大阪線のデータイムダイヤは30分サイクルの運転になっている。30分サイクルに特急・急行が各1本、準急・普通が各3本の運転が基本となっている。特急は阿部野橋~吉野間の運転で、一部橿原神宮前~吉野間が運休したり、阿部野橋~吉野間の全区間が運休している時間帯がある。停車駅は尺土、高田市、橿原神宮前、飛鳥、壺阪山、吉野口、福神、下市口、六田、大和上市、吉野神宮となっている。南大阪線内の停車駅は少ないが、吉野線内ではよく停まるようになっている。急行は阿部野橋~吉野間の運転で30分毎の運転となっている。停車駅は古市、尺土、高田市、橿原神宮前以遠各駅となっている。準急は阿部野橋~河内長野間が毎時4本、阿部野橋~橿原神宮前間が毎時2本の運転となっている。停車駅は河内松原、藤井寺以遠の各駅となっている。普通は古市行きが毎時2本、藤井寺行きが毎時4本の運転となっている。また、普通は古市~橿原神宮前間の区間電車が毎時2本運転されている。
特急は全て有料列車となっており、座席指定が基本となっている。26000系さくらライナーは4両固定編成で、これを使用する列車は4両編成となっており、16000系他の列車は4両編成もしくは2両編成での運転となっている。南大阪線内での停車駅は少なく、線内では尺土・高田市、橿原神宮前への輸送を担うとともに、橿原神宮以遠吉野線方面への輸送がメインとなっている。吉野と言えば千本桜で有名な観光地で、行楽シーズンには多くの観光客が訪れ、近鉄も臨時列車を出したりしているが、その反面オフシーズンには利用者が少ない。このため平日データイムには吉野までは毎時1本の運転となり、もう1本は運休となったり、橿原神宮前止まりで運転されたりしている。ラッシュ時間帯には4両編成以上での運転も見られるが、データイムはさくらライナー以外の列車は2両編成で運転されている。
急行は南大阪線内では古市に停まる以外は特急と同じ停車駅となっている。近鉄他線同様南大阪線でも古市以西のダイヤは緩急分離ダイヤとなっている。古市以東では尺土で普通と緩急接続を行っており、完全な緩急分離運転にはなっていない。また、古市では先行する河内長野行き準急と連絡している。
準急は阿部野橋~河内長野間の長野線系統と阿部野橋~橿原神宮前間の南大阪線系統に分かれており、前者が4本、後者が2本運転されている。阿部野橋~古市間では10分毎の運転となっており、長野行きの半数は古市で時間調整を行い、後続の吉野行き急行と接続を行っている。この時間調整により、長野線では13~17分毎となっており、概ね15分毎の運転にしている。上りは河内長野発で15分毎となっており、半数が古市で時間調整を行い、上りでも吉野発の急行と連絡している。うまく組まれたダイヤだが、長野準急の半数は古市で急行と連絡する為、長野線直通の機能が半減している。悪く言えば30分毎の急行が古市まで終日混雑するようなダイヤになっていると言える。橿原神宮前行き準急は尺土で特急と緩急接続を行う。
普通は阿部野橋から藤井寺まで10分毎の運転となっている。途中今川で準急、河内天美で特急もしくは急行の待避を行い、河内松原で準急と緩急接続を行う。古市行きは藤井寺で急行の待避を行う。古市以遠橿原神宮前行き普通は2両編成で運転され、ワンマン運転を行う。尺土で分岐する御所線も2両編成でワンマン運転を行っており、共通運用となっている。