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JRおおさか東線のダイヤはデータイムが15分毎の等間隔、朝夕ラッシュ時も毎時4本の運転が基本だが、久宝寺のホーム使用に制限があるため、等間隔にはなっていない。また、朝ラッシュ時には奈良から尼崎へ直通快速が運転され、夕方は逆方向の尼崎から奈良へ直通快速が運転されている。
データイムは放出発が毎時12・27・42・57分、久宝寺発が毎時09・24・39・54分で運転されている。開業当初は大和路線が20分サイクルのため、久宝寺でのホーム使用に制限があり、等間隔になっていなかった。2011年3月12日ダイヤ改正で、大和路線も15分サイクルとなり、これに伴いおおさか東線も等間隔化された。久宝寺では上下とも大和路線のJR難波発着の快速と連絡している。放出では下り久宝寺行きが学研都市線快速、上り放出着は学研都市線普通と連絡している。おおさか東線は高井田中央で地下鉄中央線、JR河内永和で近鉄奈良線、JR俊徳道で近鉄大阪線と連絡しており、各駅相互間の利用も少なくない。今後、北部へ延伸されるとさらに南北間での移動は高まるものと思われる。北ヤード跡地に梅田駅が造られ、そこにおおさか東線電車が乗り入れる可能性もあり、延伸時にはデータイムに快速が設定される可能性もあるだろう。
おおさか東線の始発電車は下り放出発が6時11分、上り久宝寺発が5時34分と下りの始発電車が遅い。これは奈良からの車両送り込みの都合と思われる。下りは6時台2本、7時台3本、8時台4本、9時台4本の運転で、6時台、7時台の運転が少ない。車両運用の都合で運転本数が少なくなっているのだろう。7時台は上り直通快速運転に伴い、上り普通の運転も3本となっており、ダイヤ上割り込めないという事情もあるのかもしれない。利用者の流れとしても放出から南下する需要より久宝寺から北上する需要が多いのかもしれない。今後新大阪方面へ延伸した時には、北側に車両を留置する設備が必要だ。
上り久宝寺発は5時台2本、6時台3本、7時台は直通快速3本、普通3本、8時台は直通快速1本、普通4本、9時台4本が運転。車両の送り込みを兼ねて5時台から運転があるが、6時台、7時台の普通は毎時3本と昼間より少ない。普通の本数が少ないのは直通快速運転の影響と思われるが、利用者が多い時間帯に本数が少ないのはまずい。直通快速は概ね20分毎に運転されている。
夕方ラッシュ時は下り久宝寺方面で、直通快速が運転されている。17時台は普通のみ4本、18時台は直通快速2本、普通4本が運転。19時台も同様に直通快速2本、普通4本が運転されている。直通快速は30分毎に運転されている。
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